Theo Điều 2, Quyết định số 39/QĐ-BGTVT ngày 8/1/2018 của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam có các nhiệm vụ, quyền hạn chính trong các lĩnh vực:

1. Kết cấu hạ tầng giao thông đường thủy nội địa.
2. Phương tiện thủy nội địa.
3. Đào tạo thuyền viên, người lái phương tiện thủy nội địa (trừ thuyền viên, người lái phương tiện của phương tiện làm nhiệm vụ quốc phòng, an ninh, tàu cá).
4. Hoạt động vận tải thủy nội địa.
5. An toàn, an ninh giao thông đường thủy nội địa.
6. Bảo vệ môi trường trong hoạt động giao thông vận tải đường thủy.
7. Hợp tác quốc tế về đường thủy nội địa.